Министерство природных ресурсов и экологии Российской Федерации разрабатывает и своими приказами утверждает нормативные документы, регламентирующие порядок работы агентств, служб и экспертной организации:
- Федерального агентства водных ресурсов (Росводресурсов);
- Федерального агентства по недропользованию (Роснедра);
- Федерального агентства лесного хозяйства;
- Федеральной службы по гидрометеорологии и мониторингу окружающей среды (Росгидромет);
- Федеральной службы по надзору в сфере природопользования (Росприроднадзор);
- ФГБУ «Центр лабораторного анализа и технических измерений» (ЦЛАТИ).
Территориальные органы всех агентств и служб образованы в субъектах федерации.